Bom Jesus do Tocantins possui uma economia baseada principalmente no comércio varejista, com destaque para o segmento de bebidas e estabelecimentos de alimentos como minimercados e mercearias que servem à população local. A presença significativa de atividades políticas e organizações reflete a importância do setor público no município. O setor de construção civil também se mostra relevante, com empresas de alvenaria e comércio de materiais de construção, indicando movimento na atividade imobiliária e infraestrutura local.