Flores de Goiás apresenta uma economia baseada principalmente no comércio varejista local, com forte presença de pequenos estabelecimentos que abastecem a população. A pecuária de corte representa uma importante atividade tradicional na região, refletindo a vocação do estado para o agronegócio. O setor de serviços também é significativo, com destaque para organizações sociais e políticas que atuam no município. A gastronomia complementa a economia local através de restaurantes e similares que atendem residentes e visitantes.