São Sebastião do Tocantins apresenta uma economia baseada principalmente no comércio varejista local, com destaque para minimercados e lojas de vestuário que atendem à população e região. A presença significativa de organizações políticas e associações comunitárias reflete o papel do município como centro de articulação social e administrativa no interior do estado. A estrutura econômica é típica de municípios de médio porte do Tocantins, com atividades comerciais voltadas ao consumo local e serviços essenciais à comunidade.